根据《财政部、国家税务总局、海关总署关于鼓励软件产业和集成电路产业发展有关税收政策问题的通知》（财税[2000]25号）规定，自2000年6月24日起至2010年底以前，对增值税一般纳税人销售其自行开发生产的软件产品，按17%的法定税率征收增值税后，对其增值税实际税负超过3%的部分实行即征即退政策。所退税款由企业用于研究开发软件产品和扩大再生产，不作为企业所得税应税收入，不征收企业所得税。但是，《财政部、国家税务总局关于财政性资金、行政事业性收费、政府性基金有关企业所得税政策问题的通知》（财税[2008]151号）规定，企业的不征税收入用于支出所形成的费用，不得在计算应纳税所得额时扣除。

　　《财政部、国家税务总局关于企业所得税若干优惠政策的通知》（财税[2008]1号）规定，软件生产企业实行增值税即征即退政策所退还的税款，由企业用于研究开发软件产品和扩大再生产，不作为企业所得税应税收入，不征收企业所得税。《财政部、国家税务总局关于专项用途财政性资金有关企业所得税处理问题》（财税[2009]87号）第一条规定，对企业在2008年1月1日至2010年12月31日期间，从县级以上各级人民政府财政部门及其他部门取得的应计入收入总额的财政性资金，凡同时符合以下条件的，可以作为不征税收入，在计算应纳税所得额时从收入总额中减除：

1.企业能够提供资金拨付文件，且文件中规定该资金的专项用途。

2.财政部门或其他拨付资金的政府部门，对该资金有专门的资金管理办法或具体管理要求。

3.企业对该资金以及以该资金发生的支出单独进行核算。第二条规定，根据《企业所得税法实施条例》第二十八条规定，上述不征税收入用于支出所形成的费用，不得在计算应纳税所得额时扣除。用于支出所形成的资产，其计算的折旧、摊销不得在计算应纳税所得额时扣除。 

　　根据上述规定，软件企业取得增值税实际税负超过3%的退税款项，符合该文件不征税收入的规定，因此，应作为不征税收入处理，部分退税款用于研发的，不得在计算应纳税所得额时扣除。